Министерството за здравство и релевантните здравствени установи, Институт за јавно здравје и Центар за јавно здравје-Скопје извршија санитарно-хигиенски увиди на загрозените подрачја од поплавата во скопскиот регион (Ченто, Сингелиќ-Економија, Сингелиќ, Црешево, Стајковци и Смилковци).
За превенција на појава на заразни заболувања, соопшти Министерството за здравство дадени се повеќе препораки за населението во поплавените подрачја: да се користат водоотпорни ракавици, гумени чизми, заштитни очила и маски за лице при чистење на куќите, темелно да се чисти мувлата и калта со топла вода и детергент, кај мувли со поголем интензитет да се побара помош од стручно лице, а по чистењето ѕидови во куќите да се бојадисаат со вар, а облека која била во контакт со вода од поплавата да се испере одделно од другата облека, со детергент и со топла вода (70° С).
Се препорачува да се фрлат предметите кои биле во контакт со вода од поплавите (на пр. играчки, кујнски предмети, предмети од домаќинствата, мебел, теписи и оштетен под (паркет, ламинат и бродски дрвен под) или доколку нема поголеми оштетувања истите да се исчистат со топла вода (70° С) и со детергент, ѓубрето да се фрла во канти или пластични кеси за ѓубре и исклучиво во контејнери кои се наменети за таа цел, детскиот и човечки измет брзо и внимателно да се отстрани. а во случај системот за канализација да не е во функција, да се користат канти, хемиски тоалети или полски тоалети.
Исто така се препорачува дека самостојно не е дозволиво да се отстрануваат умрени животни, туку да се повика ветеринарна служба да го направи тоа, заштита од комарци со употреба на спреј против инсекти (репеленти) и со носење светла облека, кошули со долги ракави и панталони со долги ногавици, а на прозорците од домовите да се постават заштитни мрежи против комарци, да се отстрани застоената вода од различни садови, саксии за цвеќе и стари гуми во областите каде што се размножуваат комарците.
Од Министерството за здравство наведуваат дека остануваат основните препораки за пиење безбедна вода, хигиена на рацете со сапун по секое чистење, пред подготовка на храната, пред јадење, после доаѓање во допир со детски измет и по одење во тоалет.
Исто така се препорачува да не се користи храна која била во допир со вода од поплавите и истата да не се консумира доколку не била во фрижидер или замрзнувач ако струјата е исклучена, секоја варена храна и намирници кои можат да се расипат задолжително да се чуваат во фрижидер (пожелно е да се чуваат на температури под 5°С), и истата мора да биде добро термички обработена (приготвена на температура поголема од 70°С), во случај на здравствени проблеми особено појава на пролив и повраќање, зголемена температура и/или кожни промени да побараат медицинска помош во најблиска здравствена установа, а јавните здравствени установи се во мобилна состојба.